Papereformer.
Efter Pius IV’s død havde tilhængerne af strenge religiøse regler, anført af kardinal (senere Sankt) Karl Borromeo, Pius IV’s nevø, ingen problemer med at gøre ham til pave (7. jan. 1566). Pius, der bibeholdt sin asketiske levevis, begyndte straks reformarbejdet. Dekreter og forordninger blev hurtigt udstedt; det pavelige hof blev et forbillede for nøjsomhed; prostituerede blev fordrevet fra byen eller spærret inde i et bestemt kvarter; der blev fastsat straffe for søndagens vanhelligelse, vanhelligelse og dyrepjagt; gejstlige med benefice blev pålagt at tilbringe bestemte perioder i deres administrative distrikter; medlemmer af klostre blev tvunget til at leve i streng afsondrethed i overensstemmelse med deres løfter; undervisning i katekismen, den korte håndbog, der skitserer katolicismens principper, blev beordret. En ny katekismus udkom i 1566, efterfulgt af et forbedret breviarium (de daglige bønner for præster og nonner ) og et forbedret missal (en bog med bønnerne og svarene til fejring af messen ). Brugen af afladsbreve – dvs. eftergivelse af timelige straffe, der skyldes synd – og dispensationer fra løfter blev begrænset, og hele bodssystemet blev reformeret.
Pius var en erklæret fjende af nepotisme. Selv om det er sandt, at han gjorde en nevø til kardinal, fik han ikke lov til at have nogen indflydelse, og resten af familien blev holdt på afstand. Ved konstitutionen Admonet Nos (29. marts 1567) forbød han genbesiddelse af fiefs – de jordbesiddelser, der var i feudal besiddelse, og som det var meningen, at de skulle overgå til Pavestolen – og han bandt kardinalerne ved ed til at overholde det. I marts 1569 beordrede Pius udvisning af jøderne fra kirkens stater, selv om de af kommercielle årsager fik lov til at blive under ydmygende forhold i Rom og Ancona. I februar 1571 blev Humiliati, en korrupt klosterorden i Milano, undertrykt på grund af et mordforsøg på ærkebiskoppen, kardinal Borromeo.
Reglerne for inkvisitionen blev skærpet; gamle anklager, der længe var blevet suspenderet, blev genoplivet; rang gav ingen beskyttelse, men udsatte snarere besidderen for hårdere angreb. Ingen blev forfulgt mere ubarmhjertigt end de intellektuelle, blandt hvem mange af de protestantiske doktriner havde fundet accept. Fyrster og stater trak deres beskyttelse af kættere tilbage og søgte at opnå Pavestolens gunst ved at udlevere fremtrædende lovovertrædere. Filip II af Spanien overgav i 1566 Bartolomé de Carranza, den spanske teolog og tidligere skriftefader for dronning Mary af England, og Cosimo de Medici overgav i 1567 Pietro Carnesecchi, den florentinske kætter, der havde været mistænkt selv under Paul IV’s pavedømme (og modtog to år senere som belønning titlen som storhertug af Toscana). I marts 1571 blev den særlige indekskongregation, en liste over bøger, der blev fordømt som farer for troen og moralen, oprettet uafhængigt af inkvisitionen, og hundredvis af trykkere flygtede til Schweiz og Tyskland. Pius beklagede, at han nogle gange havde været for eftergivende. Han tilskyndede Filip II af Spanien til at anvende det mest hensynsløse tyranni for at bevare sine nederlandske undersåtter i den katolske tro og sendte tropper til Frankrig for at hjælpe Catherine de Médicis med at undertrykke huguenotterne; han protesterede mod den tolerance, som den hellige romerske kejser Rudolf II udviste.