Das Hauptaugenmerk der Behandlung liegt darauf, dem Klienten zu helfen, sein traumatisches Ereignis so zu verstehen und zu rekonzeptualisieren, dass seine anhaltenden negativen Auswirkungen auf sein gegenwärtiges Leben verringert werden. Die Verringerung der Vermeidung des Traumas ist dabei von entscheidender Bedeutung, da es für den Klienten notwendig ist, seine durch das Trauma hervorgerufenen Meta-Emotionen und Überzeugungen zu untersuchen und zu bewerten.
Die erste Phase besteht aus der Aufklärung über PTBS, Gedanken und Gefühle. Der Therapeut versucht, eine Beziehung zu dem Klienten aufzubauen und seine Mitarbeit zu gewinnen, indem er ein gemeinsames Verständnis der Probleme des Klienten herstellt und die kognitive Theorie der Entwicklung und Aufrechterhaltung der PTBS darlegt. Der Therapeut bittet den Klienten, eine Erklärung über die Auswirkungen des Ereignisses zu verfassen, um eine aktuelle Grundlage für das Verständnis des Klienten zu schaffen, warum das Ereignis eingetreten ist und welche Auswirkungen es auf seine Überzeugungen über sich selbst, andere und die Welt hatte. In dieser Phase geht es darum, automatische Gedanken zu erkennen und das Bewusstsein für die Beziehung zwischen den Gedanken und Gefühlen einer Person zu stärken. Ein besonderer Schwerpunkt liegt darauf, dem Klienten beizubringen, maladaptive Überzeugungen („festgefahrene Punkte“) zu erkennen, die die Genesung von traumatischen Erfahrungen behindern.
Die nächste Phase umfasst die formale Verarbeitung des Traumas. Der Therapeut bittet den Klienten, einen detaillierten Bericht über sein schlimmstes traumatisches Erlebnis zu schreiben, den der Klient dem Therapeuten in der Sitzung vorliest. Damit soll das Vermeidungsmuster durchbrochen und eine emotionale Verarbeitung ermöglicht werden, mit dem Ziel, dass der Klient seine kognitiven Verzerrungen klärt und verändert. Kliniker verwenden oft sokratische Fragen, um den Klienten sanft zu ermuntern, basierend auf der Idee, dass die eigene Entwicklung des Klienten zu neuen Erkenntnissen über sein Trauma, im Gegensatz zur unhinterfragten Akzeptanz der Interpretationen des Klinikers, entscheidend für die Genesung ist. Alternativ kann die CPT auch ohne schriftliche Aufzeichnungen durchgeführt werden (in einer Variante, die als CPT-Cognitive oder CPT-C bekannt ist), die einige Kliniker als ebenso wirksam und vielleicht sogar effizienter erachten. Diese alternative Methode stützt sich fast ausschließlich auf den sokratischen Dialog zwischen Therapeut und Klient.
Die letzte Phase der Behandlung konzentriert sich darauf, dem Klienten dabei zu helfen, die in der vorangegangenen Phase erlernten Fähigkeiten zu verstärken, mit der Absicht, dass er diese Fähigkeiten dazu nutzen kann, seine Überzeugungen bezüglich seiner traumatischen Ereignisse weiter zu identifizieren, zu bewerten und zu verändern. Ziel ist es, den Klienten zu ermöglichen, die Behandlung mit der Zuversicht und der Fähigkeit zu verlassen, adaptive Bewältigungsstrategien in ihrem Leben nach der Behandlung anzuwenden. Diese Phase konzentriert sich auf fünf konzeptionelle Bereiche, die durch traumatische Erfahrungen am häufigsten beschädigt werden: Sicherheit, Vertrauen, Macht/Kontrolle, Wertschätzung und Intimität. Die Klienten üben zu erkennen, wie ihre traumatischen Erfahrungen zu übergeneralisierten Überzeugungen geführt haben und welche Auswirkungen diese Überzeugungen auf das aktuelle Funktionieren und die Lebensqualität haben.