Die Spionage in Japan geht bis auf den Prinzen Shōtoku (572-622) zurück. Laut Shōninki war der erste offene Einsatz von Ninjutsu während einer militärischen Kampagne im Genpei-Krieg, als Minamoto no Kuro Yoshitsune Krieger auswählte, die während einer Schlacht als Shinobi dienen sollten. In diesem Manuskript heißt es weiter, dass Kusunoki Masashige während der Kenmu-Ära häufig Ninjutsu einsetzte. Den Fußnoten in diesem Manuskript zufolge dauerte der Genpei-Krieg von 1180 bis 1185, und die Kenmu-Restauration fand zwischen 1333 und 1336 statt. Ninjutsu wurde von den Samurai der Nanboku-cho-Periode entwickelt und von Gruppen von Samurai vor allem aus Kōka und der Iga-Provinz Japans in späteren Perioden weiter verfeinert.
Im Laufe der Geschichte waren die Shinobi Attentäter, Kundschafter und Spione, die meist von Territorialherren, den daimyō, angeheuert wurden. Obwohl sie in der Lage waren, heimlich Attentate zu verüben, waren sie in erster Linie als Spione und Aufklärer tätig. Shinobi sind vor allem für ihren Einsatz von Tarnung und Täuschung bekannt. Sie nutzten dies, um eine direkte Konfrontation möglichst zu vermeiden, was es ihnen ermöglichte, großen Gruppen von Gegnern zu entkommen.
Viele verschiedene Schulen (ryū) haben ihre eigenen Versionen von Ninjutsu gelehrt. Ein Beispiel dafür ist die Togakure-ryū, die angeblich entwickelt wurde, nachdem ein besiegter Samurai-Krieger namens Daisuke Togakure in die Region Iga geflohen war. Später kam er in Kontakt mit dem Krieger-Mönch Kain Doshi, der ihn eine neue Sichtweise auf das Leben und die Mittel zum Überleben (Ninjutsu) lehrte.:18-21
Ninjutsu wurde als eine Sammlung grundlegender Überlebenstechniken im kriegerischen Staat des feudalen Japan entwickelt. Die Ninja nutzten ihre Kunst, um ihr Überleben in einer Zeit gewalttätiger politischer Unruhen zu sichern. Ninjutsu umfasste Methoden der Informationsbeschaffung und Techniken des Nicht-Entdeckens, des Ausweichens und der Irreführung. Ninjutsu beinhaltete das Training von Freilauf, Verkleidung, Flucht, Verstecken, Bogenschießen und Medizin. Fähigkeiten in Bezug auf Spionage und Meuchelmord waren für die Kriegsparteien im feudalen Japan von großem Nutzen. Irgendwann wurden die Spionagefähigkeiten unter dem Begriff Ninjutsu zusammengefasst, und die auf diese Aufgaben spezialisierten Personen wurden Shinobi no mono genannt.