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Fold change est une mesure décrivant combien une quantité change entre une mesure originale et une mesure ultérieure. Il est défini comme le rapport entre les deux quantités ; pour les quantités A et B, alors le changement de pli de B par rapport à A est B/A. En d’autres termes, un passage de 30 à 60 est défini comme un changement de plis de 2. On parle également de « multiplication par 2 ». De même, un changement de 30 à 15 est appelé « diminution d’un facteur 2 ». La variation en plis est souvent utilisée lors de l’analyse de plusieurs mesures d’un système biologique prises à différents moments, car le changement décrit par le rapport entre les points de temps est plus facile à interpréter que la différence.
La variation en plis est appelée ainsi parce qu’il est courant de décrire une augmentation de plusieurs X comme une « augmentation d’un facteur X ». En tant que tel, plusieurs dictionnaires, dont l’Oxford English Dictionary et le Merriam-Webster Dictionary, ainsi que le Collins’s Dictionary of Mathematics, définissent « -fold » pour signifier « fois », comme dans « 2-fold » = « 2 fois » = « double ». Probablement en raison de cette définition, de nombreux scientifiques utilisent non seulement « fold », mais aussi « fold change » comme synonyme de « times », comme dans « 3-fold larger » = « 3 fois plus grand ».
Le fold change est souvent utilisé dans l’analyse des données d’expression génique provenant des expériences de microarray et de RNA-Seq pour mesurer le changement du niveau d’expression d’un gène. Un inconvénient et un risque sérieux de l’utilisation de la variation en plis dans ce contexte est qu’elle est biaisée et peut mal classer les gènes différentiellement exprimés avec de grandes différences (B – A) mais de petits rapports (B/A), conduisant à une mauvaise identification des changements à des niveaux d’expression élevés. De plus, lorsque le dénominateur est proche de zéro, le rapport n’est pas stable, et la valeur du changement de pli peut être affectée de manière disproportionnée par le bruit de mesure.