De alfa koolstof is het centrale punt van alle aminozuren. Het hier getoonde segment is met twee andere verbonden door peptidebindingen. (Stick + polar H view, EnzDes coloring.)
De alfa-koolstof is het centrale punt in de ruggengraat van elk aminozuur.
De alfakoolstof (α-koolstof of Cα) verbindt de aminogroep met de zure carboxylgroep, waaraan aminozuren hun naam ontlenen.
De alfacarbon dient ook als aanhechtingspunt voor de zijketens van 19 van de 20 aminozuren die in de eiwitbouw worden gebruikt.
Glycine is het enige aminozuur zonder zijketen. In glycine neemt een waterstofatoom de plaats in waar in de andere aminozuren een zijketen aan de alfa-koolstof is gehecht.
Aan de alfacarbonaat zit ook een waterstof vast tegenover de zijketen. (Of, in het geval van glycine, heeft het een waterstof tegenover de waterstof die de zijketen vervangt.)
De alfa-koolstof is altijd atoom 2.
Segment-tot-segment verschillen worden vaak gerapporteerd als de afstand tussen de alfa-koolstenen.
In Foldit, een band getrokken naar of van de ruggengraat in feite verbindt met de alfa-koolstof. De banding functies, zoals band.AddBetweenSegments gebruik maken van de alfa-koolstof (atoom 2) als de standaard atoom, tenzij een ander atoom is opgegeven.
Een Foldit cutpoint breekt tijdelijk de peptidebinding tussen twee segmenten. Een “cut band” verbindt de alfa-koolstoffen van de twee segmenten totdat de cutpoint is gesloten.
Zie eiwit backbone voor meer over de hier getoonde backbone componenten.