Reformas papais.
Após a morte de Pio IV, os adeptos de regras religiosas rigorosas, liderados pelo Cardeal (mais tarde S.) Charles Borromeo, sobrinho de Pio IV, não tiveram dificuldade em torná-lo papa (7 de janeiro de 1566). Mantendo o seu modo ascético de vida, Pio iniciou imediatamente o trabalho de reforma. Decretos e ordenanças foram emitidos rapidamente; a corte papal tornou-se um modelo de sobriedade; prostitutas foram expulsas da cidade ou confinadas a um determinado bairro; penalidades foram fixadas por profanação dominical, profanação e isca de animais; clérigos com benefícios foram obrigados a passar períodos definidos em seus distritos administrativos; membros de conventos foram obrigados a viver em estrito isolamento de acordo com seus votos; instrução no catecismo, o pequeno manual delineando os princípios do catolicismo, foi ordenado. Um novo catecismo surgiu em 1566, seguido de um breviário melhorado (as orações diárias pelo clero e pelas monjas) e um missal melhorado (um livro contendo as orações e as respostas para a celebração da missa). O uso de indulgências – isto é, a remissão dos castigos temporais devidos pelo pecado – e as dispensas dos votos foi restringido, e todo o sistema de penitência foi reformado.
Pius era um inimigo declarado do nepotismo. Embora seja verdade que ele fez um sobrinho cardeal, foi-lhe permitido não ter influência, e o resto da família foi mantido à distância. Pela constituição Admoesta (29 de março de 1567), ele proibiu o reinvestimento de feudos – os latifúndios que estavam sob posse feudal e que se destinavam a reverter para a Santa Sé – e vinculou os cardeais com o juramento de observá-la. Em março de 1569 Pio ordenou a expulsão dos judeus dos Estados da Igreja, embora por razões comerciais lhes fosse permitido permanecer sob condições humilhantes em Roma e Ancona. Em fevereiro de 1571 o Humiliati, uma ordem monástica corrupta de Milão, foi suprimido por causa de um atentado contra a vida do arcebispo, Cardeal Borromeo.
As regras que regem a Inquisição foram afiadas; velhas acusações, há muito suspensas, foram reavivadas; a patente não oferecia qualquer protecção, mas expunha o seu possuidor a um ataque mais feroz. Nenhuma foi perseguida mais implacavelmente do que os intelectuais, entre os quais muitas das doutrinas protestantes haviam encontrado aceitação. Príncipes e estados retiraram sua proteção aos hereges e cortejaram o favor da Santa Sé, entregando distintos infratores. Filipe II de Espanha em 1566 rendeu Bartolomé de Carranza, o teólogo espanhol e antigo confessor da Rainha Maria de Inglaterra, e Cosimo de Medici em 1567 entregou Pietro Carnesecchi, o herege florentino suspeito mesmo durante o papado de Paulo IV (recebendo dois anos mais tarde como recompensa o título de grande duque da Toscana). Em março de 1571 a Congregação especial do Índice, uma lista de livros condenados como perigos para a fé e a moral, foi estabelecida distinta da Inquisição, e centenas de impressores voaram para a Suíça e para a Alemanha. O pesar de Pio era que ele tinha sido, por vezes, demasiado brando. Ele encorajou Filipe II da Espanha a usar a tirania mais cruel para preservar seus súditos holandeses na fé católica e enviou tropas à França para ajudar Catarina de Médicis a reprimir os huguenotes; ele protestou contra a tolerância demonstrada pelo Santo Imperador Romano Rudolf II.