Alphakolet är den centrala punkten i alla aminosyror. Det segment som visas här är förenat med två andra genom peptidbindningar. (Stick + polar H view, EnzDes coloring.)
Alfakolet är den centrala punkten i ryggraden hos varje aminosyra.
Alfakolet (α-kol eller Cα) är det som förbinder aminogruppen med syrans karboxylgrupp, vilket ger aminosyrorna deras namn.
Alfakarbonet fungerar också som fästpunkt för sidokedjorna i 19 av 20 aminosyror som används i proteinbyggandet.
Glycin är den enda aminosyra som saknar sidokedja. I glycin tar en väteatom den plats där en sidokedja är fäst vid alfakolet i de andra aminosyrorna.
Alfakarbonet har också en väteatom knuten till motsatsen till sidokedjan. (Eller, i fallet glycin, har det ett väte mittemot det väte som ersätter sidokedjan.)
Alfakolet är alltid atom 2.
Segment-till-segment-skillnader rapporteras ofta som avståndet mellan alfakarbonerna.
I Foldit ansluter ett band som dras till eller från ryggraden i själva verket till alfakarbonet. Bandfunktioner, t.ex. band.AddBetweenSegments, använder alfakolet (atom 2) som standardatom om ingen annan atom anges.
En cutpoint i Foldit bryter tillfälligt peptidbindningen mellan två segment. Ett ”cut band” förbinder alfakarbonerna i de två segmenten tills cutpointen är stängd.
See protein backbone for more on the backbone components shown here.