Påvliga reformer.
Efter Pius IV:s död hade anhängarna av strikta religiösa regler, ledda av kardinal (senare Sankt) Karl Borroméo, Pius IV:s brorson, inga svårigheter att göra honom till påve (7 januari 1566). Pius behöll sin asketiska livsstil och inledde omedelbart reformarbetet. Dekret och förordningar utfärdades snabbt; det påvliga hovet blev en förebild för nykterhet; prostituerade drevs ut ur staden eller spärrades in i ett visst kvarter; straff fastställdes för söndagsskändning, vanvördnad och djurplundring; präster som innehade benefikationer var tvungna att tillbringa bestämda perioder i sina administrativa distrikt; medlemmarna i klostren tvingades att leva i sträng avskildhet i enlighet med sina löften; undervisning i katekesen, den korta handbok som beskriver katolicismens principer, beordrades. En ny katekes utkom 1566, följt av ett förbättrat breviarium (de dagliga bönerna för präster och nunnor ) och en förbättrad missal (en bok som innehåller böner och svar för att fira mässan ). Användningen av avlatsbrev – det vill säga eftergift av tidsligt straff som beror på synd – och dispenser från löften begränsades, och hela botgöringssystemet reformerades.
Pius var en uttalad fiende till nepotism. Även om det är sant att han gjorde en brorson till kardinal, fick han inte ha något inflytande, och resten av familjen hölls på avstånd. Genom konstitutionen Admonet Nos (29 mars 1567) förbjöd han återinvestering av fiefs – de jordegendomar som innehas under feodal besittning och som var avsedda att återgå till Heliga stolen – och band kardinalerna med en ed att iaktta detta. I mars 1569 beordrade Pius att judarna skulle utvisas från kyrkans stater, även om de av kommersiella skäl tilläts stanna kvar under förödmjukande förhållanden i Rom och Ancona. I februari 1571 förtrycktes Humiliati, en korrupt klosterorden i Milano, på grund av ett mordförsök på ärkebiskopen, kardinal Borromeo.
De regler som styrde inkvisitionen skärptes; gamla anklagelser, som länge varit vilande, återupplivades; rang erbjöd inget skydd utan utsatte snarare dess innehavare för hårdare angrepp. Ingen förföljdes mer obarmhärtigt än de intellektuella, bland vilka många av de protestantiska lärorna hade fått acceptans. Furstar och stater drog tillbaka sitt skydd för kättare och uppvaktade Heliga stolen genom att överlämna framstående brottslingar. Filip II av Spanien överlämnade 1566 Bartolomé de Carranza, den spanske teologen och tidigare biktfader till drottning Maria av England, och Cosimo de Medici överlämnade 1567 Pietro Carnesecchi, den florentinske kättaren som hade varit misstänkt till och med under Paul IV:s påveämbete (han fick två år senare som belöning titeln storhertig av Toscana). I mars 1571 inrättades den särskilda indexkongregationen, en förteckning över böcker som fördömdes som faror för tro och moral, skild från inkvisitionen, och hundratals tryckerier flydde till Schweiz och Tyskland. Pius beklagade att han ibland hade varit alltför mild. Han uppmuntrade Filip II av Spanien att använda det mest hänsynslösa tyranni för att bevara sina nederländska undersåtar i den katolska tron och skickade trupper till Frankrike för att hjälpa Katarina de Médicis att förtrycka hugenotterna; han protesterade mot den tolerans som den heliga romerska kejsaren Rudolf II visade.